Mecanismo y diseño de vacunas para el sars-cov-2, revisión narrativa / Mechanism and design of vaccines against sars-cov-2, narrative review / Mecanismo e desenho de vacinas para sars-cov-2, revisão narrativa

La infección por el virus SARS-CoV-2, conocida como COVID-19, ha causado alta morbilidad y mortalidad en el mundo. Después de haber descifrado el código genético del virus y haber desarrollado un gran trabajo investigativo en la creación de vacunas, con diversas estrategias de acción, se ha logrado disminuir la morbi mortalidad. Fue necesario acelerar el proceso de producción de vacunas, lo cual estuvo facilitado por el avanzado conocimiento científico en el campo de la genética y la virología, para brindar a la especie humana una protección eficaz y segura contra la agresiva y progresiva infección. Las vacunas se clasifican de acuerdo con su mecanismo de acción, existen vacunas basadas en vectores virales que no se replican, vacunas recombinantes, otras basadas en virus atenuados y virus inactivos, y (la gran novedad de la ciencia actual) las vacunas basadas en ARN mensajero y ADN. Estas últimas han demostrado una gran eficacia y seguridad en la prevención de la infección por el SARS-CoV-2, también han impactado de manera fuerte, por lo que han reducido la infección y la mortalidad en la población. En consecuencia, cada día que pasa desde que se inició el periodo de vacunación mundial, se evidencia una reducción en la curva de contagio y mortalidad por COVID-19.

The infection produced by the SARS-CoV-2 virus, known as COVID-19, has caused high morbidity and mortality across the world. After having deciphered the virus's genoma and carried out investigative endeavors that led to the creation of a variety of vaccines with different mechanisms of action, it has been possible to decrease the morbidity and mortality associated with the virus. It was necessary to accelerate the vaccine production process, which was facilitated by advanced scientific knowledge within the disciplines of genetics and virology, in order to provide the human species with a safe and effective form of protection against the aggressive and progressive infection. Vaccines are classified differently depending on their action mechanisms: there are some based on non-replicating viral vectors, recombinant vaccines, ones that are based on attenuated or inactivated viruses, and (the greatest novelty of current scientific developments) vaccines based on DNA and messenger RNA. The latter has demonstrated significant efficacy and safety in the prevention of the SARS-CoV-2 infection as observed in preliminary studies, and they have meaningfully impacted the population by reducing the rates of infection and mortality. As a result, decreased levels of spread of and mortality from COVID-19 have been evidenced across the globe following the beginning of the vaccine distribution period.

A infecção pelo vírus SARS-CoV-2, conhecido como COVID-19, tem causado elevada morbidade e mortalidade no mundo. Depois de ter decifrado o código genético do virus e de ter realizado um grande trabalho de investigação na criação de vacinas, com diversas estratégias de ação, a morbilidade e a mortalidade foram reduzidas. Foi necessário acelerar o processo de produção de vacinas, facilitado por conhecimentos científicos avançados no domínio da genética e da virologia, para proporcionar à espécie humana uma proteção eficaz e segura contra a infecção agressiva e progressiva. As vacinas são classificadas de acordo com seu mecanismo de ação, existem vacinas baseadas em vetores virais que não se replicam, vacinas recombinantes, outras baseadas em virus atenuados e vírus inativos, e (a grande novidade da ciência atual) vacinas baseadas em RNA mensageiro e ADN. Estas últimas demonstraram grande eficácia e segurança na prevenção da infecção por SARS-CoV-2, mas também tiveram um forte impacto, razão pela qual reduziram a infecção e a mortalidade na população. Consequentemente, a cada dia que passa desde o início do período global de vacinação, fica evidente uma redução na curva de contágio e mortalidade por COVID-19.

O papel dos RNAs longos não codificantes na insuficiência cardíaca: uma revisão de literatura / The role of non-coding long RNAs in heart failure: a literature review / El papel de las RNAs largas no codificantes en la insuficiencia cardiaca: una revisión de la literatura

A Insuficiência Cardíaca (IC) é uma das principais causas de internação hospitalar no mundo e tem um elevado grau de morbidade e mortalidade, sendo um grave problema de saúde pública. Os lncRNAs (RNAs longo não codificantes), têm funções regulatórias transcricionais e/ou pós transcricionais bem complexas e que ainda não são totalmente claras, mas que podem exercer influência sobre as doenças cardiovasculares, dentre elas a IC. Assim o estudo teve como objetivo identificar na literatura o papel dos lncRNAs na patogênese da IC por meio de uma revisão integrativa com busca sistemática. Foram considerados elegíveis para leitura e composição do estudo 33 artigos e os principais papéis dos lncRNA na IC foram relatados como possíveis marcadores biológicos para diagnóstico e prognóstico da doença devido a sua expressividade na corrente sanguínea. Além disso, os lncRNAs podem estar relacionados à capacidade funcional uma vez que o aumento ou diminuição de sua expressão promove redução da apoptose de células endoteliais, melhora a disfunção cardíaca, distúrbios de contratilidade e dos canais de cálcio em pacientes com IC. Portanto, os lncRNAs parecem estar envolvidos na patogênese e/ou fisiopatologia da IC, podendo ser utilizados como biomarcadores genéticos com sensibilidade e especificidade semelhantes ou superiores aos empregados atualmente no diagnóstico e prognóstico da IC.

Heart Failure (HF) is one of the main causes of hospitalization worldwide and has a high degree of morbidity and mortality being considered a public health pro- blem. lncRNAs (non-coding long RNAs) have very complex transcriptional and/or post- transcriptional regulatory functions that are still not entirely clear but may influence car- diovascular diseases, including HF. Thus, the study aimed to identify in the literature the role of lncRNAs in the pathogenesis of HF through an integrative review with a systema- tic search. A total of 33 articles were considered eligible for reading and composition of the study. The roles of lncRNA in HF were reported as possible biological markers for the diagnosis and prognosis of the disease due to its expressiveness in the bloodstream. In addition, lncRNAs may be related to functional capacity since the increase or decrease in their expression promotes a reduction in endothelial cell apoptosis, and improves car- diac dysfunction, contractility, and calcium channel disorders in patients with HF. The- refore, lncRNAs seem to be involved in the pathogenesis and/or pathophysiology of HF and can be used as genetic biomarkers with sensitivity and specificity similar or superior to those currently employed in the diagnosis and prognosis of HF.

La Insuficiencia Cardiaca (IC) es una de las principales causas de hospita- lización en el mundo y tiene un alto grado de morbimortalidad considerándose un pro- blema de salud pública. Los lncRNAs (ARN largos no codificantes) tienen funciones re- guladoras transcripcionales y/o post-transcripcionales muy complejas que aún no están del todo claras pero que pueden influir en las enfermedades cardiovasculares, incluida la IC. Así pues, el estudio se propuso identificar en la literatura el papel de los lncRNAs en la patogénesis de la IC mediante una revisión integradora con una búsqueda sistemática. Un total de 33 artículos fueron considerados elegibles para su lectura y composición del estudio. Las funciones de los lncRNA en la IC se señalaron como posibles marcadores biológicos para el diagnóstico y pronóstico de la enfermedad debido a su expresividad en el torrente sanguíneo. Además, los lncRNAs pueden estar relacionados con la capacidad funcional, ya que el aumento o disminución de su expresión promueve una reducción de la apoptosis de las células endoteliales y mejora la disfunción cardiaca, la contractilidad y los trastornos de los canales de calcio en pacientes con IC. Por tanto, los lncRNAs parecen estar implicados en la patogénesis y/o fisiopatología de la IC y pueden ser utili- zados como biomarcadores genéticos con sensibilidad y spe-cificidad similares o superi- ores a los empleados actualmente en el diagnóstico y pronóstico de la IC.

Evaluación y detección bioinformática de terpenoides con potencial inhibitorio de la proteína viral 1 (VP1) del virus de la bursitis infecciosa / Evaluation and bioinformatic detection of terpenoids with inhibitory potential of viral protein 1 (VP1) of infectious bursitis virus

El virus de la bursitis infecciosa (IBDV) es el agente causal de la enfermedad de la bursa, la cual afecta principalmente a poblaciones avícolas jóvenes y genera un impacto económico negativo en la producción. La proteína viral (VP1) es una enzima con funciones clave para la replicación del genoma viral, por lo que puede ser considerada blanco para la búsqueda de compuestos con posibles actividades inhibitorias. El objetivo de esta investigación fue evaluar terpenoides con potencial inhibitorio de la proteína VP1 del IBDV mediante herramientas de aproximaciones bioinformáticas. Se seleccionó un total de 52 terpenoides, cuyas propiedades farmacológicas, farmacocinéticas y tóxicas (ADME-Tox) se evaluaron. Las moléculas sin actividades tóxicas y con aptitudes farmacocinéticas fueron sometidas a pruebas exhaustivas de acoplamiento molecular con el sitio catalítico de la VP1 mediante el uso del algoritmo genético y de Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno junto con el método de optimización local de gradientes. Los datos obtenidos revelaron que la Giberelina A1 presenta valores de energía libre de unión significativamente (p< 0,05) favorables (ΔG=-7,28±0,06 kcal/mol; Kdcalc= 8,62±0,99 µM) en comparación con los sustratos rCTP y rGTP. El complejo Giberelina A1-VP1 presenta puentes de hidrógeno con los residuos Arg335 y Asp402, los cuales cumplen roles importantes en la actividad catalítica en la replicación viral. Estos hallazgos sugieren que el terpenoide Giberelina A1 puede ser considerado como compuesto candidato para estudios in vitro de inhibición de funciones de la VP1 e in vivode actividades antivirales contra el virus de la bursitis infecciosa.

Infectious bursitis virus (IBDV) is the infectious agent of bursal disease, which mainly affects young poultry populations, generating a negative economic impact on productions. The viral protein 1 (VP1) is an enzyme with important functions for the replication of the viral genome, so it could be considered as a target for searching compounds with possible inhibitory activities. The aim of this research was to evaluate terpenoids with inhibitory potential of the VP1 protein of IBDV using computational approximations tools. A total of 52 terpenoids were selected and evaluated for their pharmacological, pharmacokinetic and toxic properties (ADME-Tox). Molecules without toxic activities and with pharmacokinetic competences were subjected to extensive molecular docking tests with the catalytic site of VP1 using the genetic and Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno algorithms with a local gradient optimization method. Data obtained revealed that Gibberellin A1 exhibits significantly (P < 0.05) favorable binding free energy values (ΔG=-7.28±0.06 kcal/mol; Kdcalc= 8.62±0.99 µM) compared to rCTP and rGTP subs-trates. The Gibberellin A1-VP1 complex exhibits hydrogen bonds with residues Arg335 and Asp402, which play important roles in catalytic activity in viral replication. These findings suggest that the terpenoid Gibberellin A1 could be considered as a candidate compound for in vitro studies of inhibition of VP1 functions and in vivo antiviral activities against infectious bursitis virus.

Ética de la edición genética en seres humanos

Propósito/Contexto. Este artículo analiza aspectos éticos de la edición genética en seres humanos. Metodología/Enfoque. Se describe el desarrollo de las principales aplicaciones de la tecnología genética en prevención, diagnóstico y terapéutica de enfermedades genéticas en las últimas décadas, culminando con la edición genética. Resultados/Hallazgos. Se definen los principales aspectos éticos que presenta la edición genética somática y germinal en seres humanos, incluyendo cuestiones de seguridad, especificidad, precisión y certeza. Se critica la edición genética germinal y el concepto de "mejoramiento" humano por vulnerar la autonomía individual, generar cambios genéticos heredables en la progenie y aceptar la falacia del reduccionismo genético de que los rasgos de las personas dependen exclusivamente de la constitución genética, independiente del ambiente. Discusión/Conclusiones/Contribuciones. La edición genética somática puede ser ética si se siguen las normas éticas de la investigación biomédica. Por el contrario, la edición genética germinal no es pertinente ni necesaria para el tratamiento de enfermedades genéticas y presenta graves conflictos éticos, por lo cual, previo a su aplicación es necesario un consenso social por discusiones democráticas, amplias y profundas entre todos los actores sociales involucrados, seguido de mecanismos de gobernanza con regulación robusta por parte del estado, que impidan la vulneración de derechos humanos fundamentales.

Purpose/Context. This article discusses ethical aspects of gene editing in humans. Methodology/Approach. The main applications of genetic technology in the prevention, diagnosis and therapeutics of genetic diseases in recent decades, are described, culminating with genetic editing. Results/Findings. The main ethical aspects of somatic and germline gene editing in humans are discussed, including issues of safety, specificity, precision and certainty. Germline genetic editing and human "enhancement" are criticized for violating individual autonomy, for generating heritable genetic changes in the progeny and for accepting the fallacy of genetic reductionism that people's traits depend exclusively on genetic makeup, independent of the environment. Discussion/Conclusions/Contributions. Somatic gene editing can be ethical if the ethical standards of biomedical research are followed. However, germline genetic editing is not relevant nor necessary for the treatment of genetic diseases and, furthermore, it presents serious ethical conflicts. Therefore, prior to its application, a social consensus is necessary, obtained by democratic, broad and profound discussions among all the social players involved, followed by governance mechanisms with robust regulation by the state, which prevent the violation of fundamental human rights.

Finalidade/Contexto. Este artigo discute aspectos éticos da edição de genes em humanos. Metodologia/Aproximação. Descreve o desenvolvimento das principais aplicações da tecnologia genética na prevenção, diagnóstico e terapia de doenças genéticas nas últimas décadas, culminando com a edição de genes. Resultados/Descobertas. São definidos os principais aspectos éticos da edição de genes somáticos e da linha germinal no ser humano, incluindo questões de segurança, especificidade, precisão e exactidão. A edição genética da Germline e o conceito de "melhoramento" humano são criticados por violarem a autonomia individual, gerando alterações genéticas hereditárias nos descendentes e aceitando a falácia do reducionismo genético de que as características das pessoas dependem exclusivamente da sua constituição genética, independente do ambiente. Discussão/Conclusões/Contribuições. A edição somática de genes pode ser ética se os padrões éticos da investigação biomédica forem seguidos. Pelo contrário, a edição genética na linha germinal não é relevante nem necessária para o tratamento de doenças genéticas e apresenta graves conflitos éticos. Por conseguinte, antes da sua aplicação, é necessário um consenso social através de discussões democráticas, amplas e profundas entre todos os actores sociais envolvidos, seguidas de mecanismos de governação com regulação robusta por parte do Estado, que impeçam a violação dos direitos humanos fundamentais.

Del ARN mensajero a los vectores virales y las proteínas recombinantes: la evolución de las vacunas contra COVID-19 / From messenger RNA to viral vectors and recombinant proteins: the evolution of vaccines against COVID-19

Entre finales de 2019 y mediados de 2022, la pandemia de COVID-19 ha causado más de 600 millones de casos confirmados y al menos 6,5 millones de muertes, constituyendo la emergencia de salud pública más importante de las últimas décadas. En paralelo con el transcurso de la pandemia, ha tenido lugar una carrera sin precedentes por la obtención de vacunas eficaces para el control de la rápida dispersión del virus. Cuatro meses después del anuncio de la emergencia del SARS-CoV-2, agente de la pandemia, ya habían 115 "vacunas candidatas", cinco de ellas en fase de ensayos clínicos [1]. Al mismo tiempo, una gran revolución en la producción de vacunas estaba ocurriendo; nuevas tecnologías de producción de biológicos, más eficaces y más rápidas, llevaron al desarrollo de vacunas útiles en un tiempo increíblemente corto. Antes de la pandemia, el desarrollo de una nueva vacuna típicamente solía tomar entre cinco y diez años, pero en 2020, a menos de un año de haberse declarado la pandemia, ya se habían publicado ensayos clínicos que demostraban la eficacia de varias vacunas producidas mediante tecnologías novedosas [2]. Son numerosas las vacunas contra el SARS-CoV-2 que han sido autorizadas para su uso. A la fecha, más de 12 mil millones de dosis de vacunas han sido administradas en el mundo [3]. Se estima que tres dosis de vacunas pueden evitar hasta en un 94 % el riesgo de uso de ventilación mecánica y muerte [4], así mismo, estudios demuestran que el riesgo de mortalidad por COVID-19 en los no vacunados es 25 veces mayor que en los vacunados

Tiroiditis subaguda y tirotoxicosis posterior a vacuna contra SARS-CoV-2: reporte de 2 casos / Subacute thyroiditis and thyrotoxicosis after SARS-CoV-2 vaccine: report of 2 cases

La enfermedad por coronavirus SARS-CoV-2 que surgió en el año 2019 (COVID-19), ha obligado al rápido desarrollo de vacunas para prevenir su propagación e intentar controlar la pandemia. Dentro de las vacunas desarrolladas, las primeras en ser aprobadas con una tecnología nueva en el campo de la vacunación, fueron las vacunas basadas en ARNm (ácido ribonucleico mensajero), que lograron tasas de efectividad cercanas al 95 % para la prevención de la enfermedad COVID-19 grave. Los eventos adversos comunes son reacciones locales leves, pero ha habido varios informes de pacientes que desarrollaron tiroiditis subaguda y disfunción tiroidea después de recibir la vacuna contra SARS-CoV-2. Este artículo presenta dos casos de tiroiditis subaguda poco después de recibir la vacuna contra COVID-19

The SARS-CoV-2 coronavirus disease which emerged in 2019 (COVID-19), has forced the rapid development of vaccines to prevent the spread of infection and attempt to control the pandemic. Among the vaccines developed, one of the first to be approved with a new technology in the field of vaccination, was the mRNA (messenger ribonucleic acid) vaccine, with rates of effectiveness close to 95% for the prevention of severe COVID-19 disease. Common adverse events are mild local reactions, but there have been some reports of patients developing sub-acute thyroiditis and thyroid dysfunction after receiving the SARS-CoV-2 vaccine. This article presents two case reports of subacute thyroiditis shortly after receiving the COVID-19 vaccine

Las variantes de SARS-CoV-2 y la llamada resistencia a las vacunas / SARS-CoV-2 variants and the so-called resistance to vaccines

Resumen Los virus ARN, excepto los retrovirus, se replican por acción de una ARN polimerasa ARN-dependiente que carece de exonucleasa correctora y, en consecuencia, en cada replicación puede co meter errores. Así se originan mutantes que, según su menor o mayor fitness, se extinguen o bien prosperan y originan variantes que escapan al sistema inmune. Las mutaciones de SARS-CoV-2 más importantes son las que alteran la proteína viral S, porque ella tiene la llave de ingreso del virus a la célula humana. Cuanto más se replican los virus, más mutan, y se hace más probable que aparezcan variantes resistentes dominantes. En esos casos, se requerirá una aplicación más estricta de las medidas de protección de la comunidad. Las vacunas y los anticuerpos policlonales, que inducen una respuesta dirigida hacia toda la proteína S, mantendrían protec ción efectiva contra las variantes del SARS-CoV-2. Además, las vacunas inducirían una mayor respuesta de células T helper y citotóxicas, lo que puede ser un biomarcador de protección. En áreas densamente pobladas con escasas medidas de protección, el virus se difunde libremente y aumenta la probabilidad de mutaciones de escape. India y Manaos ejemplifican esa situación. La evolución natural selecciona las mutantes que se repro ducen con mayor eficiencia sin eliminar al huésped, lo que facilita la propagación. En cambio, la circulación de virus de alta virulencia y letalidad (Ebola, hantavirus), que eliminan al huésped, se circunscribe a determinadas áreas geográficas, sin mayor difusión. Por lo tanto, sería esperable que SARS-CoV-2 evolucione a variantes más infecciosas y menos virulentas.

Abstract RNA viruses (except retroviruses) replicate by the action of an RNA-dependent RNA polymerase, which lacks a proofreading exo nuclease and, consequently, errors may occur in each replication giving place to viral mutants. Depending on their fitness, these mutants either become extinct or thrive, spawning variants that escape the immune system. The most important SARS-CoV-2 mutations are those that alter the amino acid sequence in the viral S protein because this protein holds the key for the virus to enter the human cell. The more viruses replicate, the more they mutate, and the more likely it is that dominant resistant variants will appear. In such cases, more stringent measures for community protection will be required. Vaccines and polyclonal antibodies, which induce a response directed towards several sites along the S protein, would maintain effective protection against SARS-CoV-2 vari ants. Furthermore, vaccines appear to induce an increased helper and cytotoxic T-cell response, which may also be a biomarker of protection. In densely populated areas with insufficient protection measures, the virus spreads freely, thus increasing the likelihood of generating escape mutants. India and Manaus exemplify this situation. Natural evolution selects the mutants that multiply most efficiently without eliminating the host, thus facilitating their spread. Contrastingly, the circulation of viruses of high virulence and lethality (Ebola, hantavirus) that elimi nate the host remain limited to certain geographic areas, without further dissemination. Therefore, it would be expected that SARS-CoV-2 will evolve into more infectious and less virulent variants.

Evaluación de pequeños ARN circulantes como potenciales biomarcadores en cáncer de pulmón / Evaluation of small circulating RNAs as potential biomarkers in lung cancer

El cáncer broncopulmonar es primero en mortalidad por cáncer, debido en parte al diagnóstico tardío, su agresividad inherente y la falta de marcadores específicos predictores de la respuesta a los tratamientos. Esto apoya la búsqueda de estrategias accesibles y poco invasivas para su detección precoz. Los pequeños ARN no codificantes (sRNA, del inglés small) son reguladores de la expresión génica involucrados en múltiples procesos biológicos, cuya expresión aberrante puede tener un rol central en la carcinogénesis. Estos pueden ser secretados al medio extracelular, circulando de forma estable en sangre y otros fluidos, donde son captados por células adyacentes o a distancia con funciones conservadas. Recientemente, se describieron nuevas clases de sRNA como las mitades derivadas de ARN de transferencia (tRNA-h, del inglés halves) y los Y-RNA (Y-ARN, nomenclatura universal en inglés). Su secreción al medio extracelular se ha vinculado a distintas respuestas regulatorias frente al estrés celular. El objetivo de este estudio fue caracterizar sRNA circulantes, 5'tRNA-h-Gly, 5'tRNA-h-Glu e Y4-RNA, como potenciales biomarcadores circulantes en el diagnóstico de cáncer de pulmón. Relacionar estos biomarcadores con determinadas características de la enfermedad. Los niveles de expresión relativa de cada marcador se cuantificaron mediante RT-qPCR, se construyeron curvas ROC para definir su valor como test diagnóstico. Se reclutaron 40 pacientes con cáncer de pulmón y 20 controles. Se observó una expresión tres veces mayor de 5'tRNA h-Gly circulante en pacientes con cáncer broncopulmonar en comparación con controles. Solo este fragmento se comportó como un potencial biomarcador circulante diagnóstico con significancia estadística. Este fue un mejor biomarcador en estadios avanzados de la enfermedad, lo que no pudo demostrarse para estadios precoces. Se observó una fuerte tendencia al aumento de las 5'tRNA-h-Gly en cáncer de pulmón no células pequeñas y de los 5'tRNA-h-Glu en tumores de células pequeñas. Es el primer estudio en analizar el rol de las 5'tRNA-h-Gly, 5'tRNA-Glu y Y4-RNA como biomarcadores circulantes en el diagnóstico de cáncer broncopulmonar. Este es un tema que requiere mayor desarrollo, por lo que las primeras aproximaciones pueden ayudar a comprender mejor su rol como moléculas circulantes y sentar las bases para estudios a mayor escala, venciendo las dificultades encontradas hasta el momento. La capacidad diagnóstica de los fragmentos estudiados debe ser analizada en una cohorte de validación con un mayor tamaño. Consideramos importante realizar en una siguiente etapa secuenciado masivo de sRNA en suero de muestras seleccionadas con el fin de identificar nuevos sRNA candidatos que no fueron analizados en este estudio

Clinically applicable artificial intelligence algorithm for the diagnosis, evaluation, and monitoring of acute retinal necrosis / 浙江大学学报（英文版）（B辑：生物医学和生物技术）

The prompt detection and proper evaluation of necrotic retinal region are especially important for the diagnosis and treatment of acute retinal necrosis (ARN). The potential application of artificial intelligence (AI) algorithms in these areas of clinical research has not been reported previously. The present study aims to create a computational algorithm for the automated detection and evaluation of retinal necrosis from retinal fundus photographs. A total of 149 wide-angle fundus photographs from 40 eyes of 32 ARN patients were collected, and the U-Net method was used to construct the AI algorithm. Thereby, a novel algorithm based on deep machine learning in detection and evaluation of retinal necrosis was constructed for the first time. This algorithm had an area under the receiver operating curve of 0.92, with 86% sensitivity and 88% specificity in the detection of retinal necrosis. For the purpose of retinal necrosis evaluation, necrotic areas calculated by the AI algorithm were significantly positively correlated with viral load in aqueous humor samples (

Detección de mutaciones del gen 23S de Helicobacter pylori implicadas en la resistencia a claritromicina / Detection of Helicobacter pylori 23S gene involved in clarithromycin resistance / Detecção de mutações no gene 23S do Helicobacter pylori envolvidas na resistência à claritromicina

INTRODUCCIÓN: uno de los principales factores que influyen en el tratamiento para la erradicación de Helicobacter pylori es la resistencia a antibióticos, la cual difiere entre países e incluso regiones de un país. Entre los antibióticos más usados para el tratamiento de la infección se encuentra la claritromicina, se ha demostrado que el gen 23S ARNr está involucrado en la resistencia a este antibiótico, como resultado de mutaciones puntuales. OBJETIVO: detectar las mutaciones presentes en el gen 23S ARNr que codifican la resistencia a la claritromicina en Helicobacter pylori a través de un método no invasivo y rápido. MATERIALES Y MÉTODOS: a partir de muestras de heces de 76 pacientes con síntomas gastrointestinales asociados a la bacteria, se aisló y purificó el ADN bacteriano, se identificó el gen 23S ARNr mediante seminested PCR. Para la detección de mutaciones puntuales en el gen se realizó la RFLP, utilizando las enzimas HhaI que detecta la mutación T2717C y MboII que identifica la mutación A2142C/G. RESULTADOS: un total de 45 pacientes resultaron positivos a Helicobacter pylori lo cual corresponde al 59,2%. La mutación T2717C analizada con la enzima HhaI se presentó en el 2,2% de la muestra de estudio, no se obtuvo resultados positivos para la enzima MboII. CONCLUSIONES: a través de la Seminested PCR se identificó al gen 23S ARNr de Helicobacter pylori, PCR-RFLP es un método fiable para detectar la presencia de mutaciones causantes de resistencias a antibióticos, útil antes de elegir el tratamiento erradicador contra las infecciones por Helicobacter pylori.

INTRODUCTION: one of the main factors that influence the treatment for the eradication of Helicobacter pylori is resistance to antibiotics, which differs between countries and even regions of a country. Clarithromycin is among the most widely used antibiotics for the treatment of infection. The 23S rRNA gene has been shown to be involved in resistance to this antibiotic, as a result of point mutations. OBJECTIVE: to detect the mutations present in the 23S rRNA gene that encode resistance to clarithromycin in Helicobacter pylori through a non-invasive and rapid method. MATERIALS AND METHODS: from stool samples of 76 patients with gastrointestinal symptoms associated with the bacteria, bacterial DNA was isolated and purified, the 23S rRNA gene was identified by seminested PCR. For the detection of point mutations in the gene, RFLP was performed, using the enzymes HhaI that detects the T2717C mutation and MboII that identifies the A2142C / G mutation. RESULTS: a total of 45 patients were positive for Helicobacter pylori, which corresponds to 59.2%. The T2717C mutation analyzed with the HhaI enzyme was present in 2.2% of the study sample, no positive results were obtained for the MboII enzyme. CONCLUSIONS: the 23S rRNA gene of Helicobacter pylori was identified through Seminested PCR, PCR-RFLP is a reliable method to detect the presence of mutations causing resistance to antibiotics, useful before choosing the eradication treatment against Helicobacter pylori infections.

INTRODUÇÃO: um dos principais fatores que influenciam no tratamento para erradicação do Helicobacter pylori é a resistência aos antibióticos, que difere entre países e até mesmo regiões de um país. A claritromicina está entre os antibióticos mais amplamente utilizados para o tratamento de infecções.O gene 23S rRNA demonstrou estar envolvido na resistência a esse antibiótico, como resultado de mutações pontuais. OBJETIVO: detectar as mutações presentes no gene 23S rRNA que codificam resistência à claritromicina no Helicobacter pylori, por meio de um método não invasivo e rápido. MATERIAIS E MÉTODOS: a partir de amostras de fezes de 76 pacientes com sintomas gastrointestinais associados à bactéria, o DNA bacteriano foi isolado e purificado, o gene 23S rRNA foi identificado por PCR seminestado. Para a detecção de mutações pontuais no gene, foi realizado RFLP, utilizando as enzimas HhaI que detecta a mutação T2717C e MboII que identifica a mutação A2142C / G. RESULTADOS: um total de 45 pacientes foram positivos para Helicobacter pylori, o que corresponde a 59,2%. A mutação T2717C analisada com a enzima HhaI estava presente em 2,2% da amostra do estudo, nenhum resultado positivo foi obtido para a enzima MboII. CONCLUSÕES: por meio da PCR seminestada, foi identificado o gene rRNA 23S do Helicobacter pylori, o PCR-RFLP é um método confiável para detectar a presença de mutações que causam resistência a antibióticos, útil antes de escolher o tratamento de erradicação contra infecções por Helicobacter pylori.

The big challenge of SARS-CoV-2 latency: testes as reservoir / El gran desafío de la latencia de SARS-CoV-2: el testículo como reservorio

Abstract In the efforts to explain COVID-19 pathophysiology, studies are being carried out on the correspondence between the expression of SARS-CoV-2 cell receptors and viral sequences. ACE2, CD147 and TMPRSS2 receptors expression could indicate poorly explored potential infection targets. For the genomic analysis of SARS-CoV-2 receptors, using BioGPS information was decided, which is a portal that centralizes genetic annotation resources, in combination with that of The Human Protein Atlas, the largest portal of human transcriptome and proteome data. We also reviewed the most recent articles on the subject. RNA and viral receptor proteins expression was observed in numerous anatomical sites, which partially coincides with the information reported in the literature. High expression in testicular cells markedly stood out, and it would be therefore important ruling out whether this anatomical site is a SARS-CoV-2 reservoir; otherwise, germ cell damage, as it is observed in infections with other RNA viruses, should be determined.

Resumen En el afán por explicar la fisiopatogenia de COVID-19 se están realizando estudios en torno a la correspondencia entre la expresión de receptores celulares de SARS-CoV-2 y las secuencias virales. La expresión de los receptores ACE2, CD147 y TMPRSS2 podría indicar blancos de infección poco explorados. Para el análisis genómico de los receptores de SARS-CoV-2 se optó por utilizar la información del BioGPS, un portal que centraliza los recursos de anotación genética, en combinación con la de The Human Protein Atlas, el portal más grande de datos del transcriptoma y proteoma humanos. También se revisaron los artículos más recientemente respecto al tema. En numerosos sitios anatómicos se observó la expresión de ARN y proteínas de los receptores del virus, que coinciden parcialmente con la información reportada en la literatura. Resaltó la alta expresión en las células de los testículos, por lo que sería importante descartar si este sitio anatómico es un reservorio de SARS-CoV-2; de no ser así, determinar el daño en las células germinales, tal como sucede en infecciones por otros virus ARN.

Potencial uso terapéutico del ARN de interferencia contra la COVID-19 / Potential therapeutic use of RNA interference against COVID-19

Introducción: El SARS-CoV-2 es el agente causal de la COVID-19, enfermedad respiratoria que ha causado miles de víctimas fatales a escala global, y para la cual no existe ninguna terapia curativa efectiva. Objetivo: Reflejar la relevancia potencial de la tecnología de ARN de interferencia (ARNi), como alternativa terapéutica contra la COVID-19. Material y métodos: Se consultaron las bases de datos especializadas en busca de artículos publicados hasta abril de 2020. Se emplearon descriptores específicos y operadores booleanos. Se empleó la estrategia de búsqueda avanzada para la selección de los artículos, teniendo en cuenta la calidad metodológica o validez de los estudios. Desarrollo: Fueron identificadas evidencias de aplicación a nivel experimental de la tecnología de ARNi contra el SARS-CoV. Se han diseñado y evaluado varios ARNs pequeños interferentes y ARNs pequeños con estructura en lazo, orientados al silenciamiento de genes esenciales del SARS-CoV, incluyendo aquellos que codifican las proteínas S, RdRp, M, E, N, 3a/3b y 7a/7b. Se comprobó la efectividad de los ARNi en el silenciamiento de sus genes diana. Aunque la mayoría de estas investigaciones se han realizado en sistemas in vitro, también se ha comprobado la utilidad terapéutica de la administración intranasal de ARNi en un modelo de SARS-CoV in vivo. Conclusiones: La tecnología de ARNi ha mostrado potencialidades como estrategia terapéutica contra el SARS-CoV en modelos celulares y animales. Dadas las similitudes a nivel genómico y en cuanto al proceso patogénico entre SARS-CoV y SARS-CoV-2, esta tecnología es potencialmente aplicable el tratamiento de la COVID-19(AU)

Introduction: SARS-CoV-2 is the causal agent of COVID-19, a respiratory disease that has caused thousands of deaths globally for which there is no effective curative therapy. Objective: To demonstrate the potential relevance of RNA interference (RNAi) technology as a therapeutic alternative in the treatment of COVID-19. Materials and methods: Specialized biomedical databases were searched looking for studies published until April 2020. The search was carried out using descriptors and Boolean operators. Advanced search strategy was used for the selection of articles, taking into account the methodological quality and validity of the studies. Results: Evidence of experimental application of RNAi technology against SARS-CoV was identified. Several small interfering RNAs and small loop-structured RNAs oriented to the silencing of essential SARS-CoV genes including those encoding the S, RdRp, M, E, N, 3a/3b and 7a/7b proteins have been designed and evaluated. The effectiveness of RNAi for silencing its target genes was proven. Although most of these research studies have been conducted in in vitro systems, the therapeutic effectiveness of the intranasal administration of small RNA interference has also been proven in an in vivo SARS-CoV model. Conclusions: RNAi technology has demonstrated to be a potential therapeutic strategy against SARS-CoV in cellular and animal models. Given the similarities at the genomic level and in terms of the pathogenic process between SARS-CoV and SARS-CoV-2, this technology has a potential applicability for the treatment of COVID-19(AU)

Vacunas para SARS-CoV-2: diferentes estrategias de los desarrollos en curso / Vaccines for SARS-CoV-2: different strategies of ongoing developments

El objetivo de este artículo es proporcionar una guía que sirva para la interpretación y seguimiento de los esfuerzos que se están desarrollando en todo el mundo con el objetivo de obtener una vacuna que pueda generar inmunidad contra el nuevo coronavirus SARS-CoV-2 de 2019, el agente causante de la enfermedad por coronavirus denominada COVID-19. Cinco meses después de haber sido detectada la enfermedad, ya hay 102 vacunas en distintos estadios de desarrollo, registradas por la Organización Mundial de la Salud (OMS), correspondientes a 8 plataformas vacunales con diferentes estrategias, y todos los días aparecen nuevas. Esto representará un enorme desafío de organismos internacionales, para la evaluación, comparación y selección de aquellas que cumplan con los criterios regulatorios indispensables de seguridad y eficacia y que, por otro lado, puedan ser producidas en cantidades suficientes para abastecer la demanda mundial. (AU)

The objective of this article is to provide a guide to help the interpretation and monitoring the efforts that are being carried out worldwide to obtain a vaccine that will be able to generate immunity against the new 2019 SARS-CoV-2 coronavirus, the viral agent causes the disease named COVID-19. Five months after the disease was detected, there are already 102 vaccines at different stages of development, registered by World Health Organization (WHO), corresponding to 8 vaccination platforms base on different strategies, and every day new ones appear. This will represent a huge challenge for international organizations, to evaluate, compare and selects those that will meet the essential regulatory criteria of safety and efficacy and that, would be able to be produced in enough quantities to supply the worldwide demand. Key words: SARS-Cov-2 vaccine, vaccine platform, COVID-19 strategy, attenuated virus, viral vector, viral proteins, viral DNA, viral RNA, nucleic acids, viral like particles, WHO. (AU)

Investigación traslacional en microbioma (InTraMic): un área de interés común y creciente en el IMTIB, Hospital Italiano e Instituto Universitario / Translational research in microbiome (InTraMic): an area of common and growing interest at IMTIB, Hospital Italiano and Instituto Universitario

Se estima que aproximadamente 100 trillones de microorganismos (incluidos bacterias, virus y hongos) residen en el intestino humano adulto y que el total del material genético del microbioma es 100 veces superior al del genoma humano. Esta comunidad, conocida como microbioma se adquiere al momento del nacimiento a través de la flora comensal de la piel, vagina y heces de la madre y se mantiene relativamente estable a partir de los dos años desempeñando un papel crítico tanto en el estado de salud como en la enfermedad. El desarrollo de nuevas tecnologías, como los secuenciadores de próxima generación (NGS), permiten actualmente realizar un estudio mucho más preciso de ella que en décadas pasadas cuando se limitaba a su cultivo. Si bien esto ha llevado a un crecimiento exponencial en las publicaciones, los datos sobre las poblaciones Latinoamérica son casi inexistentes. La investigación traslacional en microbioma (InTraMic) es una de las líneas que se desarrollan en el Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica (IMTIB). Esta se inició en 2018 con la línea de cáncer colorrectal (CCR) en una colaboración con el Colorectal Cancer Research Group del Leeds Institute of Medical Research en el proyecto Large bowel microbiome disease network: Creation of a proof of principle exemplar in colorectal cancer across three continents. A fines de 2019 se cumplió el objetivo de comprobar la factibilidad de la recolección, envío y análisis de muestras de MBF en 5 continentes, incluyendo muestras provenientes de la Argentina, Chile, India y Vietnam. Luego de haber participado de capacitaciones en Inglaterra, se ha cumplido con el objetivo de la etapa piloto, logrando efectivizar la recolección, envío y análisis metagenómico a partir de la secuenciación de la región V4 del ARNr 16S. En 2019, la línea de enfermedad de hígado graso no alcohólico se sumó a la InTraMic iniciando una caracterización piloto en el marco de una colaboración con el laboratorio Novartis. Los resultados de ese estudio, así como el de cáncer colorrectal, están siendo enviados a publicación. En 2020, con la incorporación de la línea de trasplante alogénico de células progenitoras hematopoyéticas, fue presentado un proyecto para un subsidio del CONICET que ha superado la primera etapa de evaluación. En el presente artículo se brinda una actualización sobre la caracterización taxonómica de microbioma y se describen las líneas de investigación en curso. (AU)

It is estimated that approximately 100 trillion microorganisms (including bacteria, viruses, and fungi) reside in the adult human intestine, and that the total genetic material of the microbiome is 100 times greater than that of the human genome. This community, known as the microbiome, is acquired at birth through the commensal flora of the mother's skin, vagina, and feces and remains relatively stable after two years, playing a critical role in both the state of health and in disease. The development of new technologies, such as next-generation sequencers (NGS), currently allow for a much more precise study of it than in past decades when it was limited to cultivation. Although this has led to exponential growth in publications, data on Latin American populations is almost non-existent. Translational research in microbiome (InTraMic) is one of the lines developed at the Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica (IMTIB). This started in 2018 with the Colorectal Cancer Line (CRC) in a collaboration with the Colorectal Cancer Research Group of the Leeds Institute of Medical Research in the project "Large bowel microbiome disease network: Creation of a proof of principle exemplar in colorectal cancer across three continents". At the end of 2019, the objective of verifying the feasibility of collecting, sending and analyzing MBF samples on 5 continents, including samples from Argentina, Chile, India and Vietnam, was met. After having participated in training in England, the objective of the pilot stage has been met, achieving the collection, delivery and metagenomic analysis from the sequencing of the V4 region of the 16S rRNA. In 2019, the non-alcoholic fatty liver disease line joined InTraMic, initiating a pilot characterization in the framework of a collaboration with the Novartis laboratory. The results of that study, as well as that of colorectal cancer, are being published. In 2020, with the incorporation of the allogeneic hematopoietic stem cell transplantation line, a project was presented for a grant from the CONICET that has passed the first stage of evaluation. This article provides an update on the taxonomic characterization of the microbiome and describes the lines of ongoing research. (AU)

Distribution and dynamic changes of chemical constituents in Callicarpa nudiflora / 中草药

Objective: To provide the theoretical basis for determining the best harvesting plant organ and harvesting period, and investigate the content of chemical constituents of Callicarpa nudiflora in different plant organs and different growth periods. Methods: The contents of total flavonoids, total phenolic acid and total saponins were determined by ultraviolet spectrophotometry, and the seven components were determined by HPLC. The ANOVA and PCA methods were used to analyze the content of each constituent. Results: The dry extract rate, the contents of total flavonoids, total phenolic acid, total saponins, forsythiaside B, acteoside, isoacteoside, and apigenin-7-O-β-D-glucopyranoside in functional leaves were the highest, while the contents of caffeic acid, galuteolin and luteolin in tender leaves were the highest, and all of them were significantly different from the young shoots (P 0.05). The contents of total phenolic acid, total saponins, forsythiaside B, and acteoside were the highest in the FB period, and there was no significant difference with the EFS period (P > 0.05). The contents of galuteolin and apigenin-7-O-β-D-glucopyranoside were the highest in the earlier fruit maturation (EFM) period and the later fruit maturation (LFM) period, respectively, and there was no significant difference with the EFS period (P > 0.05). The contents of each chemical component were reduced to the minimum at the fruit-drop (FD) period, and it was significantly different from that at the EFS period and the FB period (P < 0.05). According to the comprehensive evaluation model constructed by PCA, the comprehensive score of the EFS period was the highest (F = 3.252), followed by the FB period (F = 3.011). Conclusion: Main chemical constituents of C. nudiflora were significantly different in harvesting parts and growth periods. The contents of main chemical constituents were higher in functional leaves and tender leaves, and the contents of main chemical constituents were higher from FB period to EFS period.

Vacunas para la COVID-19: evidencia sobre seguridad, inmunogenicidad y eficacia. Síntesis rápida / Vaccines for COVID-19: security, immunogenicity, and efficacy evidence. Rapid living synthesis

El fuerte impacto de la enfermedad COVID-19 en la salud, las relaciones sociales y la economía del orbe, presiona el desarrollo de una vacuna efectiva y segura. Sin embargo, la urgencia y premura en el desarrollo de los ensayos clínicos, la reducción ostensible del tiempo de estudio de las vacunas candidatas, el cual ha pasado de casi 10 años a 12-18 meses, hace emerger cuestionamientos sobre la eficacia y seguridad de la(s) vacuna(s) que salgan al mercado. La evidencia que se presenta proviene de los reportes de 15 ensayos clínicos fases I, II o combinada (I/II) y 17 recursos web que han hecho seguimiento al desarrollo de vacunas. Los recursos web son fundamentalmente documentos o páginas de monitoreo y reporte de los ensayos clínicos de las vacunas, y noticias importantes asociadas a estas. La evidencia disponible sobre el desarrollo de las vacunas para COVID-19 es aún limitada dado que los resultados de los estudios fase III provienen de comunicados de prensa preliminares. Doce vacunas se encuentran en fase III de desarrollo. Dos vacunas están basadas en ARN (Moderna/NIAID y Pfizer/BioNTech), cuatro usan vectores no replicativos tipo adenovirus (AstraZeneca/Oxford, Cansino, Gamaleya, Johnson & Johnson), cuatro utilizan el virus inactivado (Sinovac, Sinopharm- Wuhan, Sinopharm-Beijing, Bharat Biotech), una utiliza una unidad proteica recombinante asociada a una matriz adyuvante (Novavax), y una última es la vacuna BCG estudiada para valorar su efectividad sobre la infección COVID-19 en dos ensayos clínicos.

False-negative result in molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in samples with amplification inhibitors / Resultado falso negativo no diagnóstico molecular de SARS-CoV-2 em amostras com inibidores de amplificação

ABSTRACT Introduction: Although reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) is the gold standard method for detecting severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), some factors, such as the presence of amplification inhibitors, lead to false-negative results. Objective: Here we describe the differences between rRT-PCR results for SARS-CoV-2 infection in normal and diluted samples, simulating the need for dilution due to the presence of amplification inhibitors. Material and method: Viral ribonucleic acid (RNA) from samples of nasopharyngeal swabs from 20 patients previously detected as "Negative" and 21 patients detected as "Positive" for SARS-CoV-2 was performed with the EasyExtract DNA-RNA kit (Interprise®). The rRT-PCR was performed with the OneStep/COVID-19 kit (IBMP), with normal and diluted (80 µl of H2O RNAse free) samples, totaling 82 tests. Results: The results indicate that there is an average variation (a < 0.05) delaying the Cq between the results of amplification of the internal control (IC), N gene (NG), and ORF1ab (OF), 1.811 Cq, 3.840 Cq, and 3.842 Cq, respectively. Discussion: The extraction kit does not completely purify the inhibitor compounds; therefore, no amplified product result may occur. In this study, we obtained a 19.04% false-negative diagnosis after sample dilution; this process reduces the efficiency of rRT-PCR to 29.8% in detecting SARS-CoV-2. Conclusion: Knowing the rRT-PCR standards of diluted samples can assist in the identification of false-negative cases and, consequently, avoid incorrect diagnosis.

RESUMEN Introducción: Aunque la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa reversa en tiempo real (rRT-PCR) sea el método de referencia para detección del coronavirus tipo 2 del síndrome respiratorio agudo grave (Sars-CoV-2), algunos factores como la presencia de inhibidores de amplificación conducen a resultados falsos negativos. Objetivo: Describimos las diferencias entre los resultados de rRT-PCR para infección por Sars-CoV-2 en muestras normales y diluidas, simulando la necesidad de dilución debido a la presencia de inhibidores de amplificación. Material y método: La extracción de ácido ribonucleico (ARN) viral de muestras de hisopos nasofaríngeos de 20 pacientes previamente detectados como "negativos" y 21 pacientes detectados como "positivos" para Sars-CoV-2 se realizó con el kit Easy Extract DNA-RNA (Interprise®). La rRT-PCR se realizó con el kit OneStep/Covid-19 (IBMP), con muestras normales y diluidas (80 µl de H2O libre de ARNasa), totalizando 82 pruebas. Resultados: Los resultados indican que hay una variación media (a < 0,05) retrasando el ciclo de cuantificación (Cq) entre los resultados de amplificación del control interno (CI), gen N (GN) y ORF1ab (OF) de 1,811 Cq, 3,840 Cq y 3,842 Cq. Discusión: El kit de extracción no purifica completamente los compuestos inhibidores; por lo tanto, puede ocurrir no amplificación. Obtuvimos un diagnóstico falso negativo de 19,04% después de la dilución de la muestra; ese proceso reduce la eficiencia de la rRT-PCR hacia 29,8% en la detección de Sars-CoV-2. Conclusión: Conocer los patrones de la rRT-PCR de muestras diluidas puede ayudar en la identificación de casos falsos negativos y, por consiguiente, evitar un diagnóstico equivocado.

RESUMO Introdução: Embora a reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa (rRT-PCR) seja o método padrão-ouro para detecção de coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2), alguns fatores como a presença de inibidores de amplificação levam a resultados falso negativos. Objetivo: Descrevemos as diferenças entre os resultados de rRT-PCR para infecção por SARS-CoV-2 em amostras normais e diluídas, simulando a necessidade de diluição devido à presença de inibidores de amplificação. Material e método: A extração de ácido ribonucleico (RNA) viral de amostras de suabes nasofaríngeos de 20 pacientes previamente detectados como "negativos" e 21 pacientes detectados como "positivos" para SARS-CoV-2 foi realizada com kit o EasyExtract DNA-RNA (Interprise®). A rRT-PCR foi realizada com o kit OneStep/COVID-19 (IBMP), com amostras normais e diluídas (80 µl de H2O RNAse-free), totalizando 82 testes. Resultados: Os resultados indicam que existe uma variação média (a < 0,05) atrasando o Cq entre os resultados de amplificação do controle interno (CI), gene N (GN) e ORF1ab (OF) de 1,811 Cq, 3,840 Cq e 3,842 Cq, respectivamente. Discussão: O kit de extração não purifica completamente os compostos inibidores, portanto, pode ocorrer não amplificação. Obtivemos um diagnóstico falso negativo de 19,04% após a diluição da amostra; esse processo reduz a eficiência da rRT-PCR para 29,8% na detecção de SARS-CoV-2. Conclusão: Conhecer os padrões da rRT-PCR de amostras diluídas pode auxiliar na identificação de casos falso negativos e, consequentemente, evitar um diagnóstico incorreto.

Aislamiento de una cepa genotipo 3 del virus de la hepatitis E obtenida de heces humanas / Cell culture isolation of hepatitis e virus genotype 3 strain obtained from human feces

ABSTRACT Hepatitis E virus (HEV) is considered one of the leading causes of acute viral hepatitis worldwide, and about 20 million infections and approximately 57 000 deaths occurred every year. However, little is known about the replicative virus cycle due to the absence of a consensus cell culture model. A549 cell line is considered susceptible to HEV genotype 3, however, both viral strain and cell culture conditions could affect the viral isolation in vitro. The objective of this work was to isolate in vitro an HEV-3 strain obtained from human feces. To this, a genotype 3 HEV strain previously identified by genetic characterization was inoculated in A549 monolayers, and incubated for two hours at 37 °C. Five days post-infection, cells were passaged (subcultured) for the first time, and serial passages were done on average every four days during 41 days. HEV replication was evaluated through RT-qPCR in each passage, and reinfection of the cell line with the viral progeny derived from A549 infected monolayers was assessed through immunofluorescence and RT-qPCR. Viral RNA was detected in each passage from infected monolayers, and the highest amount was found after 26 days (2 x 106 copies/µL). In reinfection assay, capsid antigen was detected perinuclearly and forming foci, and 1x104 copies/µL of viral RNA was detected after 96 hours post infection. This shows that HEV recovered from the cell lysate monolayers was infectious. This viral isolate offers a critical tool to study the unknown aspect of HEV infection.

RESUMEN El virus de la hepatitis E (HEV) se considera como una de las principales causas de hepatitis viral aguda en el mundo; cada año ocurren aproximadamente 20 millones de infecciones y 57 000 muertes. Debido a la ausencia de un modelo de cultivo celular consenso, se sabe poco sobre el ciclo replicativo del virus. La línea celular A549 se considera susceptible al genotipo 3 de HEV, pero tanto la cepa viral como las condiciones del cultivo celular podrían afectar el aislamiento viral in vitro. Por tanto nos propusimos aislar in vitro una cepa genotipo 3 del HEV. Para ello, se inocularon células A549 con una cepa HEV-3 identificada previamente por caracterización genética, y se incubó durante dos horas a 37 °C. Cinco días después de la infección, las células se pasaron (subcultivaron) por primera vez, y se realizaron pases seriados cada cuatro días en promedio, durante 41 días. En cada pase se evalúo la replicación del HEV mediante RT-qPCR. La reinfección de la línea celular con progenie viral derivada de monocapas de A549 infectadas se evaluó mediante inmunofluorescencia y RT-qPCR. Se detectó ARN viral en cada pase a partir de monocapas, y el pico máximo se alcanzó a los 26 días post infección (2 x 106 copias/µL). En el ensayo de reinfección, se detectó antígeno de cápside perinuclearmente y formando focos, y se detectaron 1 x 104 copias/µL de RNA viral a las 96 horas post infección. El HEV recuperado de lisado de monocapas fue infeccioso. Este aislado viral ofrece una herramienta importante para estudiar aspectos desconocidos de la infección por HEV.

COINFECCIÓN NATURAL DE VIRUS DE ARN EN CULTIVOS DE PAPA (Solanum tuberosum subsp. Andigena) EN ANTIOQUIA (COLOMBIA) / Natural coinfection of RNA viruses in potato (Solanum tuberosum subsp. Andigena) crops in Antioquia (Colombia)

RESUMEN Las enfermedades virales son uno de los principales problemas fitopatológicos de la papa. Con el fin de determinar los virus más prevalentes en cultivos de papa var. Diacol Capiro en el oriente Antioqueño (Colombia), se evaluó mediante RT-qPCR la presencia de diez virus de ARN (PVY, PVA, PVV, TaLMV, PVS, PLRV, PYVV, PVX, ToRSV y PMTV) en 36 muestras de tejido foliar. Los resultados indicaron la ocurrencia de cinco de los diez virus evaluados, con niveles de prevalencia de 88,9 %, 75 %, 75 %, 41,7 % y 25 % para PVY, PVX, PYVV, PLRV y PVS, respectivamente. Con fines comparativos, cuatro virus también se evaluaron mediante ELISA, siendo detectados PVS (80,5 %), PVY (55 %) y PLRV (5,5 %); mientras que PVX no fue encontrado con esta prueba. La comparación de estas técnicas mediante la razón de prevalencia (RP), indicó que la RT-qPCR ofrece niveles superiores de detección con valores de RP = 1,6 y RP = 7,5 para los virus PVY y PLRV; mientras que para PVS la ELISA detectó más muestras positivas que RT-qPCR (RP = 3,22), evidenciándose la necesidad de diseñar nuevos cebadores ajustados a la diversidad de este virus en Antioquia. La coinfección mixta más frecuente fue PVY-PYVV-PVX (22,2 %), mientras que los cinco virus se encontraron en el 11,1 % de las muestras. Finalmente, utilizando secuenciación Sanger de la cápside y NGS para los genomas completos, se confirmó la circulación de todos los virus detectados en los cultivos de papa del oriente Antioqueño. Estos resultados señalan la necesidad de fortalecer los programas de manejo integrado de enfermedades virales en Antioquia.

ABSTRACT Viral diseases are one of the main phytopathological problems affecting potato crops worldwide. To determine the most prevalent viruses in potato var. Diacol Capiro crops in Eastern Antioquia, 36 leaf samples were tested for the presence of PVY, PVA, PVV, TaLMV, PVS, PLRV, PYVV, PVX, ToRSV and PMTV using RT-qPCR. Detected viruses included PVY, PVX, PYVV, PLRV and PVS with prevalence levels of 88.9 %, 75.0 %, 75.0 %, 41.7 % and 25.0 %, respectively. PVS, PVY, PLRV and PVX were also tested by ELISA. PVS, PVY and PLRV tested positive in 80.5 %, 55.0 % and 5.5 % of samples; PVX was not detected. Prevalence Ratios (PR) suggests that detection is higher for PVY (PR = 1.6) and PLRV (PR = 7.5) using RT-qPCR. ELISA worked better for PVS with a PR of 3.2; this result suggests that the RT-qPCR primers used for PVS must be adjusted to reflect the genome diversity of virus in Antioquia. The most frequent coinfection was PVY-PYVV-PVX, which occurred in 22.2 % of samples; coinfection with PVY, PVX, PYVV, PLRV and PVS was present in 11.1 % of samples. The circulation of these viruses in Eastern Antioquia was further confirmed using Sanger and high-throughput sequence. This work highlights the need to strengthen integrated disease management programs of viruses in Antioquia.

Desarrollo y validación del método de amplificación isotérmica mediada en lazo para la detección del virus Zika / Development and validation of loop-mediated isothermal amplification for the detection of the Zika virus

RESUMEN Se desarrolló un método de amplificación isotérmica mediada en lazo de transcriptasa inversa (RT-LAMP) para detectar Zika. Los primers se diseñaron basándose en la región NS5 de 64 genomas completos. Se usó reactivo LAMP liofilizado. Inicialmente, se probaron siete arbovirus diferentes y solo las muestras de Zika resultaron positivas. Además, las diluciones seriadas de una de los ARN de Zika se compararon mediante RT-LAMP y qRT-PCR, demostrando que RTLAMP es 1000 veces más sensible. También se evaluó 300 muestras de suero usando RT-LAMP y los resultados se compararon con los métodos de qRT-PCR estándar y obtuvimos un 99,3% (IC95%: 97,7 - 100,0) de sensibilidad, 100% (IC95%: 99,7 - 100,0) de especificidad, 100% (IC95%: 99,7 -100,0) de valor predictivo positivo y 99,3% (IC95%: 97,7 - 100,0) de valor predictivo negativo. En conclusión, este método brinda una alternativa de bajo costo, alto rendimiento, viabilidad y confiabilidad para el diagnóstico rápido de Zika en instalaciones de atención primaria de salud.

ABSTRACT A Reverse Transcription Loop-mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) method was developed to detect Zika. The primers were designed based on the NS5 region of 64 complete genomes. Lyophilized LAMP reagent was used. Initially, seven different arboviruses were tested and only Zika samples tested positive. Additionally, serial dilutions of one of Zika's RNA were compared using RT-LAMP and qRT-PCR, demonstrating that RT-LAMP is 1,000 times more sensitive. We also evaluated 300 serum samples with RT-LAMP comparing the results with standard qRT-PCR methods, and we obtained a 99.3% sensitivity, 100% specificity, 100% positive predictive value, and 99.3% negative predictive value. In conclusion, this method provides a low-cost, high-performance, viable, and reliable alternative for the rapid diagnosis of Zika in primary health-care facilities.